通俗的讲，核定扣除的意思是，纳税人购进农产品，不再凭扣税凭证抵扣增值税进项税额，而是根据《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》（财税〔2012〕38号发布，以下简称《试点实施办法》）规定的方法，根据购进农产品所生产的商品或服务的销售情况，按照一定扣除标准，核定出当期农产品可抵扣的进项税额。简单点说就是：纳税人购进农产品，原来有票就可以抵，现在是销多少核定你抵多少。

一是，购进环节无论取得何种凭证，均以外购金额的价税合计数计入原材料成本。也就是说，购进农产品取得专票或者海关进口增值税缴款书的，按照价税合计数计入原材料成本；取得销售发票或者收购发票的，按照买价计入原材料成本。

农产品的外购金额均不含买价之外单独支付的运费和入库前的整理费用，这一点与存货会计准则的规定有所不同。

因此，纳税人从凭票扣除体系转换为核定扣除体系的，应自执行核定扣除办法之日起，将期初库存农产品以及库存半成品、产成品耗用的农产品增值税进项税额作转出处理，计入相关存货成本。

二是，进项税额抵扣的时间后移至耗用或销售环节。也就是说，购进的农产品，用于生产经营的（无论是否构成货物实体），只有在耗用以后才可以核定进项税额；直接销售的，只有在本期销售实现后才可以核定进项税额。

因此，核定扣除体系下，农产品的进项税额和销项税额进本同步，其应纳税额的产生过程比较均衡，正常情况下，不会出现进项税额留抵的现象。

三是，扣除率和销售货物的适用税率基本一致，具体又可分为三种情况：

1、购进农产品用于生产货物的，也就是以农产品为原材料进行深加工后且构成货物实体的，扣除率为销售货物的适用税率，如：生产食用植物油、饲料等货物销项税率为11%,扣除率即为11%；生产其他货物销项税率为17%（精制茶等），扣除率即为17%。

2、购进农产品直接销售的，也就是不加工直接对外销售，或者经初加工后仍属于《农业产品征税范围注释》范围的农产品再对外销售，不适用自产农产品免税政策，销项税率为11%，扣除率也为11%（2017年7月1日后，下同）。

3、购进农产品用于生产经营但不构成货物实体的，如用作包装物、辅助材料、燃料、低值易耗品等，扣除率取决于此类农产品产出对象的税率，产出对象为17%的货物，扣除率为13%；产出对象为11%的货物，扣除率为11%。

（一）试点纳税人以购进农产品为原料生产货物的，农产品扣税成本可以按照投入产出法、成本法、参照法等三种方法确定。

1、投入产出法

当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期农产品耗用数量×农产品平均购买单价×扣除率/（1＋扣除率）

当期农产品耗用数量=当期销售货物数量（不含采购除农产品以外的半成品生产的货物数量）×农产品单耗数量

（1）当期销售货物数量：由纳税人根据实际情况确定，不含采购除农产品以外的半成品生产的货物数量。

例：某茶厂当月销售普洱精致熟茶饼10吨，其中7吨是以干毛茶为原材料生产，3吨是自其它茶厂购进普洱熟茶散茶生产，那么，该茶厂的当月销售货物数量为7吨。

购进的普洱熟茶散茶不属于农产品的范围，因此不适用核定扣除体系，应该按照购进时取得的增值税专用发票抵扣进项税额。

（2）平均购买单价是指购买农产品期末平均买价，不包括买价之外单独支付的运费和入库前的整理费用。期末平均买价计算公式：

期末平均买价＝（期初库存农产品数量×期初平均买价＋当期购进农产品数量×当期买价）/（期初库存农产品数量＋当期购进农产品数量）

纳税人如果期初没有库存农产品，当期也未购进农产品的，农产品「期末平均买价」以该农产品上期期末平均买价计算；上期期末仍无农产品买价的依此类推。

（3）农产品单耗数量：销售单位数量货物耗用外购农产品的数量，比如，生产1吨精制茶，需要耗用1.1885吨干毛茶，这个1.1885就是该类茶叶制品的单耗数量。

例：某公司(增值税一般纳税人)2017年8月1日～8月31日销售1000吨巴氏杀菌乳，主营业务成本为600万元，行业原乳单耗数量为1.055，原乳平均购买单价为4500元/吨。按照投入产出法，该公司当期允许抵扣的进项税额：

【解析】当期允许抵扣的进项税额=当期销售货物数量×农产品单耗数量×农产品平均购买单价×扣除率/(1+扣除率)=1000×1.055×4500/10000×11%÷(1+11%)=47.04(万元)。

2、成本法

当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期主营业务成本×农产品耗用率×扣除率/（1＋扣除率）

（1）当期主营业务成本：来源于纳税人当期的会计核算资料，不包括期未耗用农产品的产品的成本。

（2）农产品耗用率=上年投入生产的农产品外购金额/上年生产成本。比如，某纳税人2016年生产成本为1000万元，投入生产的农产品外购金额为900万元，则其2017年度的农产品耗用率为90%。

农产品外购金额是含税口径，不含不构成货物实体的农产品（如包装物、辅助材料、燃料、低值易耗品等）和在购进农产品之外单独支付的运费、入库前的整理费用。

例：某公司(增值税一般纳税人)2017年8月1日～8月31日销售1000吨调制乳，主营业务成本为600万元，企业农产品耗用率80%，原乳平均购买单价为4500元/吨。按照成本法，该公司当期允许抵扣的进项税额：

【解析】当期允许抵扣的进项税额=当期主营业务成本×农产品耗用率×扣除率/(1+扣除率)=600×80% ×17%÷(1+17%)=69.74(万元)

3、参照法

不是一个独立的方法，主要用于新办的试点纳税人或者试点纳税人新增产品的，当年可参照所属行业或者生产结构相近的其他试点纳税人确定农产品单耗数量或者农产品耗用率，次年再进行调整。

（二）试点纳税人购进农产品直接销售

当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期销售农产品数量/(1－损耗率)×农产品平均购买单价×11%/(1＋11％)

损耗率＝损耗数量/购进数量 

农产品平均购买单价是指期末农产品加权平均单价。

例：某植物油生产企业以外购菜籽为原料榨取毛菜油，2017年7月将采购的菜籽对外销售90吨，当地税务机关核定的损耗率为10%，7月底该企业菜籽平均购买单价为4000元/吨。

【解析】7月菜籽扣税成本=90/(1-10%)×0.4=40万元

7月可以抵扣的进项税额为：40×11%/(1+11%)=3.96万元

（三）试点纳税人购进农产品用于生产经营且不构成货物实体

1、用于生产销售的货物适用税率为11%的

当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期耗用农产品数量×农产品平均购买单价×11%/(1+11%)

2、用于生产销售的货物适用税率为17%的

当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期耗用农产品数量×农产品平均购买单价×13%/(1+11%) 

当期耗用农产品数量由纳税人根据实际情况确定。

农产品平均购买单价是指期末农产品加权平均单价。

例：某葡萄酒厂(一般纳税人)购进原木生产包装物，2017年12月生产包装物耗用原木1500方，平均购买单价为100元/方，当月原木可抵扣的进项税额：

【解析】当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期耗用数量×农产品平均买价×11%/(1+11%)=1500×100×13%/(1+11%)=17567.56元

产品单耗数量、农产品耗用率和损耗率统称为农产品增值税进项税额扣除标准（以下称扣除标准）

可以看出，扣除标准决定了农产品扣税成本，农产品扣税成本又决定了纳税人核定扣除进项税额的金额。

因此，对于纳入核定扣除范围的纳税人，首要的工作是明确本企业适用的扣除标准。

根据财税〔2012〕38号的规定，农产品单耗数量（投入产出法）、农产品耗用率（成本法）和损耗率（购进农产品直接销售）统称为农产品增值税进项税额扣除标准。扣除标准由各级财税部门公布，具体包括三种情况：

一是，财政部和国家税务总局不定期公布的全国统一的扣除标准，如部分液体乳及乳制品的扣除标准由财税〔2012〕38号公布：

二是，省级税务机关商同级财政机关根据本地区实际情况，报经财政部和国家税务总局备案后公布的适用于本地区的扣除标准。 

如云南省国家税务局 云南省财政厅公告〔2017〕第12号规定，云南省纳税人以鲜叶生产干毛茶的单耗数量为4.6054，以干毛茶生产精制茶（除普洱熟茶以外的其他成品茶）的单耗数量为1.1885。

云南省国家税务局 云南省财政厅公告〔2012〕第11号规定，云南省纳税人以甘蔗生产白砂糖，单耗数量为8.200。

三是，省级税务机关依据试点纳税人申请，按《试点实施办法》第十三条规定的核定程序审定的仅适用于该试点纳税人的扣除标准。

如云南省国家税务局 云南省财政厅公告〔2017〕第12号规定，澜沧县东圆橡胶开发有限公适用的农产品耗用率为89.00%，云南农垦集团金平橡胶有限责任公司适用的农产品耗用率为73.00%